Pamela Boltei

Poquísima secuenciación de genoma para identificar variantes o cepas extranjeras de covid-19 se han hecho en la región durante los primeros cuatro meses de 2021, de acuerdo a la información que dio a conocer el Ministerio de Salud (Minsal) en su último informe de variantes.

Es por eso, y considerando el aumento de caso activos del último informe epidemiológico (6.146), que distintos especialistas y hasta el Colegio Médico hicieron un llamado a acelerar las conversaciones para materializar pronto convenios con las universidades y centros de estudio que estén disponibles y capacitados para poder llevar a cabo esta labor, entendiendo también que se trata de un trabajo que es muchísimo más complejo que testear y revisar exámenes PCR y que requiere no solo instrumentos y equipos especializados, sino que también personal capacitado para ello.

Cuántos

En Chile, al 9 de abril se han identificado 124 casos de la variante B.1.1.7. (Británica) y se distribuyen entre las regiones de Arica y Parinacota, Tarapacá, Antofagasta, Atacama, Coquimbo, Valparaíso, Metropolitana, O'Higgins, Maule, Ñuble, Biobío, Araucanía, Los Ríos y Los Lagos. A la fecha se han reportado 156 casos de la variante P.1 (brasileña) entre las regiones de Antofagasta, Coquimbo, Valparaíso, Metropolitana de Santiago, O'Higgins, Maule, Ñuble, Biobío, Los Lagos y Magallanes.

En la Región de Valparaíso, al 19 de abril se han identificado 6 casos de la variante P.1, correspondientes a viajeros de nacionalidad chilena provenientes de Brasil, el 66,7% fue sintomático, sin requerir hospitalización. "De estos, 4 son mujeres y 2 hombres, de edades entre 23 y 38 años", precisó el seremi de Salud, Georg Hübner. "Ninguno de ellos requirió hospitalización: 4 realizaron su aislamiento en domicilio particular, 1 en residencia sanitaria en la Región Valparaíso y 1 en residencia sanitaria de la RM", dijo.

En la categoría viajeros, se han detectado 4 casos de la variante británica, ninguno de los cuales fue sintomático. En la categoría vigilancia comunitaria, en la Región de Valparaíso no se han detectado casos correspondientes a la variante B 117, y hay 4 casos de la variante P1, el primero en febrero y 3 en el mes de marzo, explicó Héctor Sánchez, director ejecutivo del Instituto de Salud Pública de la Universidad Andrés Bello (ISP UNAB), en base al informe mencionado.

En este contexto, la Seremi de Salud "ha seguido los nuevos lineamientos del proyecto de vigilancia genómica, elaborado desde nivel central, el cual busca optimizar el estudio de viajeros que resulten positivos dentro de los 14 días posteriores a su ingreso a territorio nacional. Al mismo tiempo, se realiza la implementación de envío de PCR positiva a secuenciación genómica de casos con comportamiento clínico no esperado", aseguró Hübner.

Al comparar con la cantidad de secuenciación de otras regiones, la de Valparaíso tiene poca secuenciación aún. La RM tiene 36 para la cepa británica y 44 para la brasileña, y la Región del Maule, en tanto, hizo 7 secuenciaciones para la variante británica y 5 para la brasileña.

"Este virus presenta variaciones muy frecuentes, de las cuales las que citadas generan preocupación por asociarse a mayor transmisibilidad, o producir un curso más severo de enfermedad, eventualmente ser más letales, o por escapar a los anticuerpos generados por la enfermedad o alguna vacuna", planteó Sánchez. "Resulta indispensable conocer las características genéticas del virus circulante en distintas comunidades, la vigilancia genómica pasa a ser otro componente de la vigilancia epidemiológica. Este conocimiento permite tomar decisiones oportunas que permitan controlar la epidemia en los distintos territorios", dijo el especialista.

"Más secuenciación"

Para Ignacio de la Torre, presidente regional del Colegio Médico, "mientras no estemos secuenciando de manera suficiente no podremos saber si es que hay una circulación endémica de estas formas, o sea personas que se han contagiado por otras que no han viajado fuera del país, cosa que es altamente probable con ambas variantes. Por eso el llamado es a sumar esfuerzos desde el mundo público, universitario, la atención de salud y del mundo privado para poder apoyar los análisis de secuenciación que nos permitan tener como región una mirada más exacta de las variantes que en este momento están predominando".

La doctora Vivian Luchsinger, viróloga del Instituto de Ciencias Biomédicas de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile, señaló que "la idea sería poder aumentar la secuenciación en todas partes, y particularmente en las regiones que tienen poca secuenciación. No es tan sencillo, hay que ver la capacidad a nivel regional, el equipo, las personas capacitadas. Es absolutamente necesario tener una mayor secuenciación y hacer análisis locales de lo que está ocurriendo porque, a lo mejor, la mayor transmisibilidad puede estar impactando en el número de casos que ha aumentado tanto. Si hay capacidad para hacerlo debieran comenzar. Se armó una red de laboratorios universitarios para secuenciación, y si no se está haciendo teniendo la capacidad, es un desperdicio".

La seremi de Ciencias, María José Escobar, está a cargo de concretar los esfuerzos gubernamentales y de planteles locales. "El plan de vigilancia genómica, a nivel nacional, está siendo coordinado por el Ministerio de Salud, el de Ciencia y el ISP. De manera de hacer este proceso inclusivo, se realizó un llamado abierto a las instituciones de educación superior que cuenten con las capacidades necesarias para realizar secuenciación genética. Las instituciones que cumplan con dichos requisitos estarán a la espera de que llegue el financiamiento por parte del Minsal. Esta red de universidades complementará la labor actual del ISP, pudiendo a llegar a procesar en conjunto hasta 500 muestras semanales", dijo.

"Es absolutamente necesario tener una mayor secuenciación y hacer análisis locales de lo que está ocurriendo (...) puede impactar en el número de casos".

Vivian Luchsinger, Viróloga I. C. Biomédicas U. Chile

"Se realiza la implementación de envío de PCR positiva a secuenciación genómica de casos con comportamiento clínico no esperado".

Georg Hübner, Seremi de Salud

"

Alejandro Dinamarca, director de Innovación y Transferencia Tecnológica de la Vicerrectoría de Investigación e Innovación de la Universidad de Valparaíso, doctor en Biología Molecular e investigador de Centro de Micro-Bioinnovación de la Facultad de Farmacia UV, está en conversaciones para poder secuenciar y pesquisar las variantes de covid-19 en la región.

"Nuestra institución está levantando y validando las capacidades para secuenciar el genoma del SARS-CoV-2. En este sentido, se está trabajando en establecer las capacidades en la Unidad de Genómica de la Facultad de Medicina con la participación de las Facultades de Ciencias y Farmacia con la coordinación de la Vicerrectoría de Investigación e Innovación de la UV", contó.

El objetivo es iniciar "durante estos dos meses una fase de pruebas que permitan validarnos ante la entidad de referencia, que en este caso es el ISP. La secuenciación de genomas es un proceso complejo y altamente especializado, se requiere de métodos y técnicas para obtener el material genético (ARNss en este caso) de forma íntegra y sin daños de manera que se puedan obtener secuencias de la calidad requerida".

En este sentido, además del equipamiento necesario (secuenciadores, analizadores de ácidos nucleicos, etc.), se requiere de un equipo de científicos especializado en la obtención de muestras, la secuenciación y finalmente el análisis bioinformático. "Esto, en general, es de un altísimo costo, por lo que en Chile han sido muy pocas las universidades y empresas que han montado sistemas de secuenciación para estudios genómicos".

- ¿Qué están alistando para ello y qué hace falta?

- Estamos coordinando equipos de trabajo al interior de nuestra institución en la Unidad de Genómica con una estructura de gobernanza y aumentar el equipamiento e insumos necesarios que permitan implementar la secuenciación con el objetivo de determinar la circulación de diferentes variantes de SARS-CoV-2 en la región.

- ¿Han tenido contacto con el Gobierno en torno a esto y en qué pie está esa conversación?

- Se está en coordinación con la Seremi de Ciencia, Tecnología, Conocimiento e Innovación dada la importancia y en el tenor de ponernos al servicio de los requerimientos hechos para esta tarea. En las diferentes universidades de la región existen grupos de investigación que están manifestando su interés en participar junto a nuestra Unidad de Genómica, lo cual es sin duda adecuado para iniciar esta labor.